餐巾纸和卫生纸的区别主要体现在生产原料、质量标准和卫生标准这几方面：从生产原料上来讲，餐巾纸采用的原料一般是原生浆纸，生产出来的纸巾纸质比较细致柔软；而卫生纸采用的原料大多为再生纸浆，生产出来的纸巾纸质稍差，在擦嘴时会有纸屑。

从质量标准和卫生标准上来讲，餐巾纸的生产车间根据要求，必须按一次性卫生用品标准进行消毒、隔离生产，而卫生纸生产车间并没有特殊要求；餐巾纸必须有独立的最小包装，以保证其从出厂到使用始终保持与外界的卫生隔离状态，而卫生纸一般可使用大包装；餐巾纸细化到限定每一种细菌数量，而卫生纸只限定总体细菌总数。所以，总的来说，餐巾纸的质量和卫生要求比较高，而卫生纸的质量和卫生要求比较低。由于卫生纸中含有的荧光剂和细菌更多，因此长期使用劣质卫生纸擦嘴等很容易引起疾病。

一是可能吸入对身体有害的真菌、绿脓杆菌、大肠杆菌等，会引起肠炎、伤寒、痢疾等疾病，有的还可能携带有肝炎病菌；二是劣质卫生纸中添加有增白粉，使用时大量的粉尘可能会进入人体呼吸道，对呼吸道造成刺激；三是会刺激皮肤，导致皮肤过敏。